Begin 1914 verhuisde ze naar Dornach. Ze hielp mee met de bouw, ze sneed aan de zuilen daar waar nodig en was behulpzaam met de berekeningen van de koepel. In het begin van WO I richtte Elisabeth in de Schreinerei een kleine lezersruimte in, waar men voordrachten kon lezen en lenen. In 1915 zette Elisabeth in Den Haag de ‘Internationale Vrouwenorganisatie voor Vrede en Vrijheid’ op. Dit initiatief hield voordrachten over de Driegeleding en daar zette Elisabeth zich na WO I voor in. In 1916 ging ze terug naar Duitsland om Elisabeth Rottens te helpen met de verzorging van Engelse krijgsgevangenen. Elisabeth nam twee Duitse kinderen bij haar in huis op. Tijdens WO I vroeg Rudolf Steiner of ze voordrachten over antroposofie en Goetheanistische natuurwetenschap wilde houden. Ze hield die voordrachten met een sociaal accent en werkte vanuit de sociale hoofdwet. Ook zette ze zich in voor de bibliotheek in het Goetheanum.
In oktober 1919 startte Elisabeth het ‘Rudolf Steiner Archiv am Goetheanum’. Ze kocht materiaal in m.b.v. haar eigen vermogen. Het archief was vrij toegankelijk voor iedereen.  Ze verzamelde bewijsstukken van persoonlijke meditaties, maakte thematische overzichten in kaartenbakken en leidde bezoekers rond. Ze was vaardig in de communicatie en kon moeilijke antroposfsche onderwerpen  begrijpelijk overbrengen. Daarbij was ze door haar fenomenale geheugen een levende encyclopedie; ze wist zonder nazoeken wanneer en hoe Rudolf Steiner over een bepaald thema had gesproken. Alleen nieuwsgierige mensen of tegenstanders van de antroposofie wees ze de deur, ze wilde geen kostbare tijd steken in frustrerende discussies. Haar archief was voor ieder ander vrij en door regelmatig gebruik stofvrij.

In de herfst van 1920 hield ze op vraag van Rudolf Steiner een openingsvoordracht over de relativiteitstheorie: ‘De rechtvaardiging van mathematiek in de astronomie en zijn grenzen’. Er volgden drie weken van voordrachten en Rudolf Steiner zei: ‘Alle andere voordrachten ondersteunen de bouw niet’! Rudolf Steiner wilde haar bij alle volgende Hogeschoolcursussen erbij hebben, maar haar naam werd door de organisatie telkens weer doorgestreept. In 1921 liet ze met haar stellingname voor de internationale Vrije School zien dat zij de impuls van Rudolf Steiner het beste begreep. Rudolf Steiner was heel blij met haar stellingname. 

Op 27 oktober 1921 was de grondsteenlegging van ‘Haus Vreede’ waar ze al een tijd met haar ouders woonde: Auf der Höhe 1 te Arlesheim. Het ontwerp van het huis was van Rudolf Steiner en het huis had negen kamers. Ita Wegman schonk de grond. De grondsteenspreuk lag onder de pijlers van de ingang, het huis had geen hek maar een rozenboog en een trap die in oranje-rood was geverfd. Elisabeth bewoonde de twee bescheiden zolderkamers, van waaruit ze vrij zicht op de sterrenhemel had. Er was geen scheiding tussen het huis en het Goetheanum. In de tuin plantte Elisabeth een rode beuk, een taxus en een eik. Ze was zeer gastvrij en kreeg veel bezoek. Het huis kreeg de bijnaam ‘duiventil’.

In de nacht van 31-12-1922 brandde het 1^e Goetheanum af. Een zeer dramatische gebeurtenis met ingrijpende gevolgen.

Eind januari 1923 moest Elisabeth afscheid nemen van haar vriendin Edith Marion, waarbij ze tot het eind toe innig aan haar ziekbed deelnam. In dit jaar zette Elisabeth zich in om geld voor de wederopbouw te vergaren. Op 21 juli riep ze in een pauze van de onderhandelingen alle Nederlanders op garanties te geven voor het bedrag van 150.000 fr. Daardoor kregen de onderhandeling gelijk een andere stemming. In de loop van de dag over de wederopbouw sloten velen zich aan en gaven gehoor aan haar oproep. 

Op 6 oktober was ze doopgetuige voor Wilfried Immanuel Kunert. Elisabeth maakte zijn doopspreuk, maar na de geboorte werd zijn hoofd steeds groter en in de tijd daarna logeerden moeder en kind regelmatig bij haar. In november vroeg Rudolf Steiner Elisabeth om met hem en Marie Steiner von Sivers naar Berlijn te gaan en de verhuizing van de woning aan de Motzstraße en de verhuizing van de uitgeverij naar Dornach voor te bereiden. Een paar weken ervoor had Hitler een staatsgreep in München gepleegd en Rudolf Steiner besliste om Berlijn als werkcentrum op te geven. Eind november ontving ze van Rudolf Steiner een dankbericht voor haar hulp in Berlijn.

Vlak voor kerst merkte Elisabeth dat ze in het bestuur gevraagd zou worden. Hij vroeg de vijf meest naaste werkzame mensen in de antroposofie die met hem in het centrum konden werken en een opgave uit de geestelijke wereld konden opnemen. Het was een esoterisch initiatiefbestuur en niet organisatorisch gericht. Het ging er om dat ze opgaven konden opnemen en de wereld inbrengen. Mensen die volkomen de antroposofie waren toegewijd. Op 25-12-1923 volgde de Weihnachtstagung en droeg Rudolf Steiner haar voor als bestuurslid. Tegelijkertijd kreeg ze de leiding van de Mathematisch Astronomische Sectie.

Begin 1924 logeerde Wilfried Immanuel Kunert met zijn moeder Theodora bij haar in huis. Wilfried werd opgenomen in de kliniek van Ita Wegman. In Juni reisde ze met Rudolf Steiner naar Koberwitz voor de landbouwconferentie. Hij wees op de betekenis van de astronomie voor de landbouw. Op de terugweg naar Jena werd een heilpedagogisch instituut opgezet en er volgden behandelplannen die heilpedagogen konden gebruiken. Elisabeth maakte horoscopen voor de kinderbesprekingen. Elisabeth zette zich in voor het opzetten van de Waldorfscholen in Stuttgart en Den Haag en met grote liefde begeleidde ze deze scholen. Kinderen die rust nodig hadden konden bij haar in de tuin kamperen. In juni was er een inbreng van haar petekind in de heilpedagogische  cursus. Het overwinnen van de hydrocefalus was niet gelukt. Rudolf Steiner vroeg de geboortehoroscopen van de kinderen en de ouders en Elisabeth maakte die.

In september werd Rudolf Steiner ziek; Elisabeth bleef op de achtergrond en zag hem bijna niet, ze kende zijn fragiele toestand en hield er rekening mee. Ze werkte zijn autobiografie uit en gaf de uitwerking aan Ita Wegman ter lezing voor Rudolf Steiner. Ita zei dat hij altijd dankbaar was met haar werk en het resultaat. In maart 1925, een paar dagen voor Rudolf Steiner’s dood verplaatste Gunther Wachsmuth het Rudolf Steiner archief zonder Elisabeth  daarover te vragen; maar dat bleef gelukkig niet onopgemerkt bij Ita, die Rudolf Steiner inschakelde, waarop Gunther Wachsmuth duidelijk te verstaan kreeg dat hij het archief niet van haar mocht afnemen! Rudolf Steiner stierf op 30-3-1925 in het bijzijn van Ita Wegman, Gunther Wachsmuth en Albert Steffen. Elisabeth werd vergeten zoals zo vaak in haar leven. Na het overlijden van Rudolf Steiner werden ook de verschillen in het bestuur scherper en zichtbaarder.

In mei hield Ita in het bijzijn van Elisabeth in Parijs de zogenaamde Klassenuren; het was goed volgens Elisabeth. Zelf sprak ze over astronomie. Voor Elisabeth was het duidelijk dat Ita van Rudolf Steiner de verantwoordelijke op het gebied van de Klassenuren was. Elisabeth voelde dat in het bestuur een tendens ontstond naar het creëren van twee partijen. Ze merkte dat haar jarenlange inspanningen voor de onderlinge samenwerking binnen het bestuur moeilijker werd; ze ervaardde de tegenkrachten. Overal zocht Elisabeth kiemen voor vergeestelijking van de mathematiek en de astronomie. In mei was er een heruitgave van GA 323: het zo belangrijke basiswerk voor de astronomie dat gaat over de verhouding van astronomie tot de andere wetenschappen.

Haar maandelijkse rondbrieven van 1926 tot 1929 waar ze startte met een heldere beschrijving van de grondbeginselen van de astronomie werden verspreid. Vijf jaargangen leverden 10.000 abonnementen in de omgeving op en 200 voor de Engelse vertaling. Ze schreef de astrologische brieven samen met Willi Sucher. Ze bevorderde het werk van veel mensen o.a. van George Adams, Herman van Baravalle, Ernst Bindel, Ernst Müller en Willi Sucher. Ze schreef veel recensies van publicaties met respect voor de prestatie van de ander. Ze zorgde voor meer begrip in dit gebied door het samenkomen in cursussen en bij leden van de AAG. Voor veel mensen was de astronomie een gesloten gebied. Ze streefde als sectieleider naar een gevoels- en wilsmatige verbinding van de mensen met de kosmos. Ze vond altijd woorden en beelden. De schoonheid van Sophia sprak door haar heen; wonderschoon kon ze over vallende sterren spreken.

Eind maart 1927 informeerde ze Albert Steffen over het plan voor het bouwen van een sterrenwacht van 4,5 x 4,5 m. voor 3000 franc. De sterrenwacht zou een verschuifbaar dak hebben. In de zomer werd het bouwinitiatief voor de sterrenwacht werkelijkheid en werd het met haar eigen financiële middelen gerealiseerd. Eind juni was er een zonsverduistering en nodigde ze Albert Steffen uit om in de sterrenwacht te komen kijken. ‘Hr Pfeiffer doet op dat moment een kristallisatie experiment. Van 5.18 -6.12 maximum, einde 7.10; rond 6 uur zal het op z’n mooist zijn’. Ze las zelf altijd zijn nieuw verschenen boeken en wenste hem altijd geluk, maar hij kwam helaas niet kijken naar de zonsverduistering. Proeven van Lilly Kolisko van planten met gebruik van door de maan en planeten bestraald water, wilde Elisabeth in boekvorm publiceren. Het in Koberwitz door Rudolf Steiner aangegeven onderzoekswerk, wilde ze naar mogelijkheid uitvoeren.