In 1928 liet ze de sectiekamer in het Goetheanum in etherisch rose schilderen en met Pasen werd de kamer gewijd; het riep weerstand op. Elisabeth was in deze tijd veel onderweg, kosmopolitisch geöriënteerd. Voordat ze naar Londen ging voor een werkconferentie  schreef ze op humoristisch wijze over de situatie aan het Goetheanum: ‘Bestuursidyllen’. Vanaf deze tijd had ze in Dornach geen rol meer en werd ze niet betrokken bij besluiten. Elisabeth was voor hen notoir rebels en werd pas later geïnformeerd; ze was wars van hiërarchie.  In Londen sprak ze over ‘spirituele aspecten van de astronomie’. Grote openbare bijeenkomsten werden al in 1924 voor de volgende jaren geïnitieerd. In het mededelingenblad las ze over de overbelasting van het bestuur en de vakantieperiode. Ze schreef een brief naar Albert Steffen dat ze dat op die manier te weten kwam en dat zij ook onderdeel van de bestuur was en niet overbelast. Ook las ze in het Mededelingenblad over de opening van het 2^e Goetheanum en schreef Albert Steffen terug. Daarin reageert ze met drie houdbare standpunten waarin ze aangaf dat Albert Steffen een weg kiest die het tegenovergestelde is van de Weihnachtstagung.
Het zou niet mogelijk mogen zijn dat:
1. de uitnodiging van Albert Steffen persoonlijk uitgaat (maar van het hele bestuur, die dat ook gezamenlijk zouden moeten voorbereiden);
2. Dat leden zich vooraf zouden moeten melden;
3. Dat het programma werd samengesteld uit tevoren ingezonden korte inhoud. Van degene die een lezing mochten houden was in de tijd van Rudolf Steiner al een lijst van gemaakt. Deze lijst had een richtsnoer kunnen zijn voor het bestuur na Rudolf Steiner’s overlijden. Mensen in de kring rond Ita Wegman werden niet meer gevraagd. 
Begin 1929 verschijnt er een kalender, die oorspronkelijk de naam: ‘Bauern-Kalender’ krijgt, bedoeld voor de landbouw. Aan het eind van de inleiding v.d. 1^e oplage schreef ze: ‘Wanneer je de geesteswetenschappelijke kosmologie van Rudolf Steiner hebt bestudeerd, bijvoorbeeld zijn ‘Wetenschap van de geheimen der ziel’, dan weet je dat de aarde uit de hemel is ontstaan. Dan weet je dat de sterren en planeten niet heel ver van ons zijn, maar onmiddellijk en direct met ons verbonden zijn’. In 1930 schreef ze haar collega bestuursleden tevergeefs om een gezamenlijk overleg n.a.v. een lezing in Stuttgart van Adolf Arenson dat Rudolf Steiner een Bodhisattva geweest zou zijn. Elisabeth waarschuwde het bestuur en hield twee voordrachten over dit thema in Nederland en in Stuttgart. Op vrijlatende wijze met veel inzicht en kennis over dit thema en Rudolf Steiner’s werk voor de AV in een juist licht, gericht op het juiste oordeelskracht van de toehoorders. Niet aanvallend op de persoon Arenson.

In juni is het voor velen bekende ‘Kamp de Stakenburg’; haar activiteiten gingen gewoon door; pedagogische en heilpedagogische initiatieven. In december werd Elisabeth tot ketter verklaard en werd beweerd dat de voordracht over de Bodhisattva tegen de geest van Rudolf Steiner gericht zou zijn. Op uitnodiging van Ernst Bindel ging ze in oktober 1931 naar Egypte, bestudeerde de Pyramiden en de oude mysteriën. Ze nam gesteenten van Gizeh, Medum en Daschur mee, zorgvuldig uitgezocht en beschreven. In mei 1932 schreef Elisabeth: ‘Men zou onderscheid moeten maken tussen wat het Goetheanum als Hogeschool te bieden heeft en dat wat van het Goetheanum als leiding naar de vereniging uitgaat. Bij de Hogeschool horen alle voordrachten en georganiseerd vakgericht werk, ook wanneer ze niet door het gehele bestuur geaccepteerd worden’.  En in een andere brief:  ‘Het gehele bestuur bestaat alleen in de ‘geestelijke wereld’. Tegen Lilian Kolisko zei Elisabeth daarna dat er veel mensen waren, maar dat er nog veel meer mensen niet waren. ‘Die zwijgen, komen niet meer, omdat ze zich niet gezien en gehoord voelen’.

In oktober schreef Elisabeth een belangrijk artikel over de sterrenregen in een tijd van grote zorgen en een donkere toekomst. In 1934 ontstond een nieuwe beperking; ze moest haar paasvoordracht verplaatsen, omdat de Terraszaal niet meer tot haar beschikking stond. In dit jaar sprak ze zich op de jaarvergadering voor het laatst energiek uit, maar ze werd in brede kring bespot. Dit werd de laatste keer dat Elisabeth in de Grote zaal van het Goetheanum was. De maanden erna werd ze steeds meer tegengewerkt en had geen beschikking meer over de sleutels van vele kamers in het Goetheanum. De aankondigingen van haar sectie werden niet meer in het mededelingenblad opgenomen, en de kaart met haar naam werd systematisch van het bord met aankondigingen afgehaald. Elisabeth zegt: ‘de vervulling van mijn door Rudolf Steiner gegeven opgaven wordt na 10 jaar volledige inzet volledig lamgelegd’. Ze sprak over de rechteloosheid die aanstaande was.

Elisabeth nodigde Ita per brief uit om, wanneer ze weer gezond zou zijn, elkaar te ontmoeten en bij de landelijke verenigingen van Nederland, Engeland en een aantal Duitse verenigingen te komen. Verenigingen die de officiële koers van het Goetheanum niet meedroegen. De meerderheid van deze leden stonden achter Ita en Elisabeth. Ita bleef op afstand; ze antwoordde dat ze veel had nagedacht over de toekomstige vereniging van de medische en Mathematisch Astronomische sectie. Ze bepleitte een intensief verder werken en voor regelmatige gezamenlijke cursussen en ontmoetingen, maar één ding hoopte ze dat niet gebeuren ging en dat was het opbouwen van een nieuwe vereniging. Ze wilde een vrije vorm, niet iets naast Dornach en nodigde Elisabeth uit om naar Wengen te komen en daarna voor ontspanning naar Dornach om met elkaar te spreken. Ita onttrok zich aan de bijeenkomsten en reisde na haar genezing naar Palestina en Z-Italië en kwam pas in november ’34 weer naar Arlesheim. Ook Elisabeth dacht niet aan het opzetten van een nieuwe vereniging, maar ze hoopte de gemeenschappelijk werkzaamheid te intensiveren en organisatorisch uit te bouwen. In december verscheen het smaadschrift van H. Poppelbaum over Ita. De inhoud was volledig gebaseerd op horen zeggen. Het bevatte veel leugens over de manier waarop Elisabeth in het bestuur was gekomen. Elisabeth vroeg Eugen Kolisko of hij een onafhankelijk boekje over de geschiedenis van de Antroposofische Vereniging na de dood van Rudolf Steiner uit wilde werken. Lilian Kolisko documenteerde en refereerde naar uitspraken van G. Wachsmuth en G. Schubert van een vergadering in het Goetheanum; tegelijk met het ontslag van Ita en Elisabeth verloren zij ook de leiding over hun sectie en het recht lid van de AAG te zijn. 

In 1935 ondernam Elisabeth alle correspondentie voor de Verenigde Vrije Antroposofische groepen. Ze stond in het middelpunt van het werk, in haar sociale centrum. Ze richtte in Arlesheim een eigen voordrachtruimte in, omdat haar eigen sectieruimte een andere bestemming had gekregen, te klein was en deze niet meer tot haar beschikking stond. Ita ging haar eigen gekozen weg. Elisabeth moest dit accepteren, hoewel er sinds 1925 veel agressiviteit op haar afkwam wat eigenlijk voor Ita bedoeld was. Een dagboekaantekening van W. Pache: ‘Vreede meint nun, alles, was noch möglich ist, zu tun, um dies (Ausschlussanträge) zu verhindern, Herausgabe der Dokumente. Frau Dr. Wegman meint: Alles, was noch komme, müsse von uns durchlitten werden, damit sich die Wahrheit offenbare’. Eugen Kolisko schreef  naar Elisabeth dat hij daarmee zou beginnen wanneer hij terug was in Stuttgart. Intussen was Elisabeth zelf gestart. Begin van het jaar sprak Elisabeth over de verschrikkelijke ervaringen  van de laatste jaren. In maart  ontving ze een lange brief van K. Ballmer, die in relatie stond tot Dornacher bestuurscrisis en de voorbereidingen op  de motie die zou komen. Hij vraagt haar naar de geschiedenis van de statuten en wil een juridische oplossing. Hij stelt voor om naar de rechter te stappen met een aanklacht. Elisabeth antwoordde duidelijk dat ze het met hem oneens is en dat geestelijke helderheid gevraagd werd, waar het juridische niet veel kon bereiken. In maart constateerde Elisabeth in een brief: ‘De totale verwoesting van mijn in 10 jaar moeizaam opgebouwde sectie’. Ze schreef haar rechtvaardigingsgeschrift tegen H. Poppelbaum ‘Zur Geschichte der Anthroposophischen Gesellschaft seit der Weihnachtstagung 1923’ en stuurde het voor correcties naar Ita, die het corrigeerde, maar dat niet op tijd bij Elisabeth aankwam. Het exemplaar was al naar de drukker. Op 17 maart volgde een aankondiging van het verschijnen van het Denkschrift in het Nachrichtenblatt. In dezelfde uitgave stond ook een uitgebreid stuk over de afzetting van Ita en Elisabeth en de uitsluitingsmotie. Eind maart, tien jaar na de dood van Rudolf Steiner en drie weken voor de Algemene Vergadering van de AAG ontstond een nieuw document, het vijfvoudige in omvang. Door twaalf antroposofen uitgegeven en bij het secretariaat van het Goetheanum te bestellen: ‘Denkschrift über Angelegenheiten der Anthroposophischen Gesellschaft in den Jahren 1925 bis 1935’. Alle verwijten werden nog eens geïntensiveerd en systematisch uitgebouwd. Begin april schreef Elisabeth een brief naar Fritzanton Krück met een  voorstel een onafhankelijke commissie in het leven te roepen (F. Rittelmeyer, M. Morgenstern, F. Doldinger, E. Leinhas, Graf P. Hoditz, G. Husemann, e.a.). Ondanks de inzet van F. Krück kwam het niet tot stand. Elisabeth schreef dat ze nog op een wonder hoopte, dat bewerken kon dat we samen blijven. Op 12 april ontving ze een brief van een priester uit de Christengemeenschap en iemand van de Nürnbergse Antroposofische Vereniging naar het bestuur, die het krachtig niet eens zijn met de brutaliteit van de vervolging. Op 14 april volgde dan toch de uitsluiting: verlies van bestuursambt, de leiding over de Mathematisch Astronomische Sectie, het door haar zelf opgebouwde, geleide en gefinancierde Rudolf Steiner archief, en de sterrenwacht. Elisabeth was niet aanwezig en liet een brief voorlezen door F. Krück, waarin ook Rudolf Steiner geciteerd werd over de kernpunten van het bestuur, die alleen verantwoordelijkheid heeft aan de geestelijke machten. Ze besloot met de hoop dat sommigen misschien in staat waren uit haar woorden de uitgangspunten te horen van waaruit ze de afgelopen 20 jaar had gehandeld en welke maatgevend waren voor haar werkelijke handelen. Niet de plannen en daden die me worden toegedicht. Ze hoopte dat het deze Algemene Vergadering lukte dat men zich een niveau verhoogde tot de geest, die uit de woorden van onze leraar tot ons spreekt. Integendeel, dat lukte niet. Er was een toespraak ter verdediging voor Ita, voor Elisabeth stond er niemand op. Tijdens het besluit was ze in het Rudolf Steiner Archief.

Op 16 april bleken alle voordrachten uit het Archief te zijn verdwenen, en Elisabeth ontving een brief van Marie Steiner –von Sivers dat zij als weduwe van Rudolf Steiner eigenaar  van het archief was. Daarna volgde nog zo’n drastisch gebeurtenis: de sloten van de deuren van het archief werden vervangen. Met een verhuiswagen liet ze twee dagen later haar eigendommen uit de sectieruimte, archief en sterrenwacht ophalen. En ze zei: ’En ik wil alleen maar zeggen, dat ik mijn werk voort zal zetten in naam van Rudolf Steiner en op grond van de kracht waarmee ik hem dien’. En in een brief naar  M. Stiefelhagen schreef ze: ‘Ik  voel me door het besluit van de 14-4 niet gescheiden van de band met de AAG, die met de Weihnachtstagung ontstond; die is sterker dan een besluit van de Algemene Vergadering.

Elisabeth werkte verder met de Vereinigten Freien Antroposofische Gruppen en bouwde daarin de Mathematisch Astronomische Sectie op. In juli vertaalde Elisabeth het boek van Zeylmans: ‘Entwicklung und Geisteskampf 1923-1935’. Met  nawoord: ‘Fable convenue oder Geschichte?’. Een noodzakelijk reactie op het ‘Denkschrift 1923-1935’. Zeylmans thematiseerde het Verenigingsconflict in rust en helderheid, met o.a. begrip over leiding m.b.t. centrum en periferie. Elisabeth en Zeylmans zagen elkaar vaak en bespraken de toekomst met elkaar. Ze bereidde toekomstige inzichten voor. Waar ze naar streefde was dat er op enigerlei wijze inzicht bij de ander ontstond en Elisabeth voelde dat we de geestelijke plicht hebben de breuk niet volkomen te laten worden. Daarom wilde ze ook geen vastere structuren om de scheiding volledig te maken. Ze hoopte dat men de komende twee jaar tot inzicht zou komen. ‘In de tussentijd mogen we niets doen wat in tegenspraak met de Weihnachtstagung is’. Dat toonde een reeël verinnerlijkingsproces, uit liefde voor de Weihnachtsimpuls. Ze zag de hele geschiedenis als een ziekte die zo goed mogelijk met het goede overwonnen en geheeld moest worden. In 1935 was ze veel in Holland en Engeland en reisde ze naar Mallorca, Italië, Griekenland, Palestina, Egypte en Ierland. Wat ze in Ierland over de voordrachten van Rudolf Steiner vertelde was heel levendig, waardoor je na afloop het idee had dat je bij de voordrachten zelf was geweest. In juni 1936 reisde ze voor een zonsverduistering naar Turkije. In 1938 schreef ze in ‘Antroposophischen Arbeitsberichte’ een kort fundamenteel artikel: ‘Über die antroposophische Arbeit’. ‘We weten dat de wereld altijd geneigd is het stralende zwart te maken en het verhevene te verpulveren, maar we kunnen ons toch afvragen hoe dat bij een genie als Rudolf Steiner, die zo volledig miskend, belasterd en doodgezwegen is, hoe dat bij zo’n geweldige geest als Rudolf Steiner is gegaan’. In dit jaar was ze voor de laatste keer in Duitsland om Joodse leden van AAG te helpen met emigreren. Ze schreef over de gehele antroposofische situatie: ‘de strijd is verloren, de geesteloosheid heeft gewonnen‘. Nadat Oostenrijk zich bij Duitsland aansloot laten haar brieven de ontsteltenis over de Midden-Europese situatie en het mislukken van de Antroposofische Vereniging zien. Ze volgde de dagelijkse politiek en deze Oostenrijkse gebeurtenissen waren voor haar een signaal dat destructieve krachten heel stil verder gaan. In januari 1940 sprak ze in Basel over: ‘Die Bildung des Inneren Menschen durch Antroposophie’.

In mei 1940 verliet Ita Arlesheim en verhuisde naar Ascona, naar kliniek Casa Andrea Christoforo. Ita wilde ver van Dornach opnieuw beginnen. Elisabeth werd regelmatig voor voordrachten door Madeleine van Deventer in de kliniek uitgenodigd, zij had de indruk dat Elisabeth’s geheugen tot schouwen was geworden. De inhoud die ze wilde vertellen stond als een grote imaginatie voor haar. Vergelijkbaar werd er over de voordrachten van Ita in Ascona bericht. Op 4 maart 1943 stierf Ita Wegman in Arlesheim waar ze kort ervoor ziek was geworden. Voor Elisabeth en Madeleine was het een grote schok dat ze overleed. Elisabeth sprak op indrukwekkende wijze op de herdenkingsplechtigheid en  de crematieplechtigheid. ‘Nu ligt het zwaartepunt van onze beweging in de geestelijke wereld’. Op 30 maart hield ze een voordracht over Rudolf Steiner en alle vrienden die bij hem in de geestelijke wereld waren: Edith Maryon, Alice Sauerwein, Graf von Keyserlingk, Louis Werbeck, Caroline von Heydebrand en Eugen Kolisko in een serene helderheid; de wereld van de gestorvenen was haar volgens Madeleine zeer nabij. De weken daarna probeerde ze in kleine kringen begrip voor de individualiteit van Ita wakker te roepen. Met warmte sprak ze over haar menselijke grootte. Tijdens WO II voelde ze zich bedrukt door het grote verschil tussen de oorlog om haar heen en de rust in Zwitserland. Begin mei hield ze een voordracht over N. Kopernicus voor zijn 400^e stervensdag. Ze probeerde verder te werken; met uiterste krachtinspanning hield ze zich rechtop.

Op 6-5 werd Elisabeth ziek. Ze werd door collegae van Ita: Madeleine van Deventer, Ernst Marti en Werner Kaelin verzorgd. Met de crematievoordracht voor Ita had ze volgens Madeleine innerlijk iets overwonnen, maar tegelijkertijd leek het zo dat hier de start van het loslaten van haar eigen leven begonnen was. Ze was dankbaar en liefdevol. Haar innerlijke houding tijdens haar ziekte was er een zonder klagen, met geduld en ongelooflijke dankbaarheid voor elke hulp. Georg Adams sprak over een diepe deemoed die onder het vuur en de geslotenheid van Elisabeth verborgen lag. Wanneer ze alleen lag voelde ze zich door een wereld van geometrische vormen omgeven. Begin augustus was er een eerste lichte verbetering en Elisabeth wilde graag naar Ascona naar de laatste plek waar Ita had gewerkt: Casa Andrea Christofoor in Tessin, omdat daar geneeskrachtige kwaliteiten leefden die haar ten goede zouden kunnen komen. Het besluit kwam uit een diepe wils-, en lotslaag.  Madeleine zag deze verplaatsing met zorg tegemoet. Vier dagen na haar aankomst in Ascona was er een grote fysieke terugslag en streed ze drie weken met haar ziekte. Op 31-8-1943 overleed Elisabeth Vreede, 64 jaar en zes weken oud. 
Naar de crematieplechtigheid konden veel vrienden niet komen. Madeleine van Deventer, Ernst Marti en Margarete Kirchner- Bockholt hielden een toespraak in een aanzienlijke, lege ruimte!